Score de calidad Phred¶
Autora: M. Nayeli Luis-Vargas
Objetivo
Comprender en qué consiste el score de calidad Phred.
El score de calidad Phred es una medidad de la calidad de la identificación de las nucleobases generadas por la secuenciación de DNA. El score de calidad Phred es calculado a partir de la siguiente fórmula
Recuerda
El score de calidad de las secuencias en los archivos FASTQ se encuentran en la cuarta línea.
@ERR059938.60 HS9_6783:8:2304:19291:186369#7/2
GTCTCCGGGGGCTGGGGGAACCAGGGGTTCCCACCAACCACCCTCACTCAGCCTTTTCCCTCCAGGCATCTCTGGGAAAGGACATGGGGCTGGTGCGGGG
+
7?CIGJB:D:-F7LA:GI9FDHBIJ7,GHGJBKHNI7IN,EML8IFIA7HN7J6,L6686LCJE?JKA6G7AK6GK5C6@6IK+++?5+=<;227*6054
En donde Q es el valor de calidad y es un número entero, mientras que P es la probabilidad de que la base en la secuencia sea incorrecta.
Q (Score de calidad Phred) |
P (Probabilidad de que una base esté incorrecta) |
Porcentaje de presición |
|---|---|---|
10 |
1 en 10 |
90% |
20 |
1 en 100 |
99% |
30 |
1 en 1000 |
99.9 % |
40 |
1 en 10,000 |
99.99% |
50 |
1 en 100,000 |
99.999% |
60 |
1 en 1,000,000 |
99.9999% |
El score de calidad va a depender de la codificación de la plataforma de secuenciación, sin embargo, la codificación estándar es la de Sanger/Illumina 1.8 +. En esta codificación se utilizan los caracteres de ASCII del 33 al 73. Y cada uno de estos caracteres tienen un valor en el score Phred. Por ejemplo, el caracter signo de exlamación (!) tiene el valor 33 en ASCII y tiene un valor Q igual a 0. La siguiente figura muestra un ejemplo, donde se puede ver la secuencia, el código ASCII, el valor que tiene en ASCII y el valor de Q.
Fig. 30 Representación del score Phred para Sanger/Illumina 1.8+¶
Para saber más..
Sobre Phred y otras codificaciones en función de la plataforma de secuenciación puedes llegar ésta página de Wikipedia.
Entonces, con todo esto, para decir que una base secuenciada tiene una buena calidad el valor de Q debe estar entre 30-40, esto implica que la tasa de precisión va del 99.9% al 99.99% , y en nuestra cuarta línea deben aparecer caracteres ASCII de ?, @ y letras mayúsculas desde la A-I.